不論是公共圖書館的館藏，還是坊間的繪本，都有書籍疑觸犯國安法被列入「禁書」，但國安法實施逾一年，至今未有提供禁書清單作參考。在教育界，有學校圖書館將公民抗命書籍，以及將作者疑違法的著作下架。但這些都只能從傳媒報道及政府的回應中，猜測「禁書」的底線，業界促當局盡快提供清晰名單供同業跟從。
有學校圖書館獲教育局發通告提醒，校內不應有危害國家安全的藏書，但圖書館主任稱從未接獲禁書清單及指引。康文署則透露，至今共有八十九項館藏涉違國安法，須暫停服務；教育局則指，校方有責任將疑涉違法的書目移除，學校圖書館亦應參考公共圖書館的已下架書籍，惟兩部門均沒有披露涉違法的書目名單。
有中學老師提到，其學校已抽起個別政治立場鮮明的文化評論人的書籍，以及談及佔領的小說，又知悉有學校抽起被公共圖書館覆檢、由陳雲所著的《香港城邦論》。有學校則將早前在書展中，被建制團體舉報違法的書籍抽起。
現職小學圖書館主任、優質圖書館網絡主席熊銘表示，缺乏下架的準則，圖書館主任只能估計法例的紅綫何在。由於現時未有任何指引，所以只能從新聞報道中，知悉哪些書的風險較高再將書下架。他亦曾聽聞有中學抽起講述東歐國家當年組人鏈抗議的書，亦將佔中三子撰的公民抗命書抽走，更有學校將三十年前出版的六四事件相關書籍下架。
香港學校圖書館主任職能關注組召集人劉寶珊坦言，圖書館主任自己亦不太熟識《國安法》，亦無任何資料可參考，只能透過電子表格向同業收集下架圖書記錄，但強調並不具權威性實際執行起來是各自演繹，但她無奈稱：「我們打份工，無人希望犯法。」
優質圖書館網絡創會會長呂志剛則認為，過度自我審查的話，圖書館變得無書可藏，失去價值之餘，對學生發展並非好事。他又表示已要求康文署公布下架書籍的完整名單及原則，讓學校以此為指標，他亦已徵詢法律意見，認為應由國安處或教育局頒布書本清單，以保障同業權益。學校亦須設機制，由學校集體負責檢視書本，而非由圖書館主任獨力承擔。
